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Possui graduação e mestrado em Estatística pela UNICAMP e doutorado em Bioestatística pela Universidade Johns Hopkins. Foi Pesquisador Associado no Departamento de Oncologia da Universidade de Cambridge, Professor Afiliado do Instituto de Biologia Computacional de Cambridge, Pesquisador Associado Honorário no Grupo de Biologia Computacional do Cancer Research UK e pesquisador associado ao Departamento de Genética Médica da Faculdade de Ciências Médicas da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) e Desenvolvedor no Projeto Bioconductor desde 2004. Atualmente, é Professor Associado e Chefe do Departamento de Estatística da UNICAMP. Benilton possui experiência no gerenciamento e análise de grandes bases de dados, tendo como foco de pesquisa o desenvolvimento de metodologias analíticas e ferramentas computacionais em Biologia Computacional e Bioinformática voltadas para dados originados por experimentos de microarranjo e sequenciamento, com aplicações em -ômicas.